伴发胸腺瘤获得性纯红细胞再生障碍的治疗，常常需要输血，来改善贫血症状。此外，还可采取以下治疗：

①激素：肾上腺皮质类固醇可促使红系细胞增生，缓解贫血症状。雄激素也对某些患者有效，但都需用数月至半年的时间。使用激素时，贫血缓解后，还须长时期小剂量维持治疗。雄激素配合肾上腺皮质类固醇治疗，有时疗效更好。

②免疫抑制剂：针对本病属自体免疫性疾病，所以可采用免疫抑制剂如环磷酰胺、环磷酰胺加强的松、巯唑嘌呤及6-巯基嘌呤，对有些病例有效。也可用抗淋巴细胞球蛋白(ALG)，每日10毫升(相当于0.05克球蛋白)静脉滴注，十天为一疗程。用药后网织红细胞迅速上升，随之血红蛋白上升，但可能会有发热等副作用。免疫抑制治疗无效时，改用血浆交换治疗可能缓解贫血。

③胸腺切除术。只有发现胸腺肿大时，才可作胸腺切除手术。这样不但可以明确诊断，而且能促进骨髓中红系细胞的增生，并防止可能存在的恶性肿瘤的扩散。约有1/4患者在手术后，贫血缓解，但这种缓解不一定是长久的。有些患者在手术后，尚需加肾上腺皮质类固醇治疗方有效。单用胸腺放射治疗不能缓解贫血。

伴发胸腺瘤获得性纯红细胞再生障碍如不作治疗，预后较差。经治疗而不坚持药物维持治疗，只有半数病人没有贫血现象。