本病为慢性进行性疾病，最终可发展为尿毒症。影响其预后的因素有：①年龄：在儿童，年龄越小越容易引起肾损害。这是由于婴幼儿及儿童时期肾脏发育成长未完全，对损害因素特别敏感，尤其是婴幼儿存在严重VUR时往往致使肾发育不全或肾功能严重障碍。②VUR的程度：出现肾损害的反流多属Ⅱ级、Ⅲ级，逆流量大，肾盂肾盏压力大，肾损害严重。③尿路感染及高血压：尿路感染的早期，即给以合理抗菌药物治疗，可使肾损害减轻至最低程度。降低血压，能够减轻肾内血管的狭窄及缺血程度，改善肾功能。

治疗主要是防止肾损害的发生和发展，最重要的是制止尿液逆流和控制感染。制止尿液逆流可采用抗逆流手术来纠正。由于膀胱输尿管反流因年龄增长而逐渐消失或减轻，手术适应症应严格掌握。手术适应症有两点：①VUR持续存在，应用抗菌药物治疗仍反复感染者；②重度VUR伴有感染者。