多种肠道疾病，包括器质或功能上的异常、细菌炎症或寄生虫病，均可因维生素B₁₂吸收不良而发生维生素B₁₂缺乏或巨幼细胞贫血。

回肠下部如因手术部分切除，或手术后形成盲曲、回肠-结肠瘘、胃-空肠-结肠瘘，炎症 (节段性回肠炎)或放射性损伤，均能影响维生素B₁₂的吸收。

凡是有一段小肠与肠道的主流隔绝者称为盲曲。在肠道盲曲、憩室和肠腔狭窄段内流动不畅，肠内容滞留瘀积，肠腔内常有大量细菌生长、繁殖。这些细菌的生长虽然并不需要维生素 B₁₂，但其表面有许多位点能与维生素B₁₂结合，因此剥夺了宿主的维生素B₁₂，结果使肠道吸收到的维生素B₁₂减少。对这些情况如果采用广谱抗生素治疗或用手术纠正盲曲，常能使维生素B₁₂的吸收得到改进。

临床表现和血液学发现均为巨幼细胞贫血，偶尔亦可出现脊髓亚急性混合变性。治疗方面，肌注维生素B₁₂效果很好，每日1次1000μg，连续1周。但病人同时常有叶酸缺乏，故须补充适当的叶酸。肠道瘘管或盲曲可采用外科手术来纠正缺陷。